Lo compararon con la enfermedad que se da en Corea e India
En nuestro país el de vesícula biliar y el de colon tienen rasgos más agresivos.
El cáncer no es igual en todas partes y las referencias genómicas con que se estudia e interpreta la enfermedad tampoco representan de la misma manera a todas las poblaciones. Un equipo de investigadores de la Universidad de OHiggins (UOH) que ha secuenciado tumores de cerca de 300 pacientes chilenos, ha visto diferencias frente a patrones descritos en grandes estudios internacionales, particularmente en cáncer de vesícula biliar y colon.
La historia de ancestros europeos, nativos americanos y, en menor medida, africanos, genera una particular «ancestría genética», que es la huella que dejan en el ADN las poblaciones de las que se desciende. Esa diversidad puede modificar la frecuencia con que aparecen determinadas variantes genéticas e influir en cómo se configura el riesgo de algunas enfermedades. Por eso, utilizar únicamente referencias construidas mayoritariamente con otras poblaciones puede dejar fuera características relevantes para interpretar lo que ocurre en pacientes del país.
Para contar con una referencia más cercana a esa realidad, el equipo generó un genoma chileno ensamblado completamente y levantó una base de datos con las mutaciones observadas con mayor frecuencia en pacientes nacionales. Se trata de un proyecto desarrollado por la UOH, el hospital Dr. Franco Ravera Zunino y financiado por el Gobierno Regional de OHiggins.
«Generamos el primer genoma chileno ensamblado completo, de telómero a telómero, distinto de la referencia actual, porque esta última se construyó con personas de Occidente. Nosotros usamos el genoma chileno para identificar mejor las variantes de riesgo en nuestros pacientes», explica Carol Moraga, investigadora de la Universidad de OHiggins y coordinadora de la iniciativa.
En términos simples, se trata de contar con una referencia genética construida a partir de población chilena para complementar aquellas que han sido desarrolladas principalmente con otros grupos y poder reconocer con mayor precisión las particularidades que aparecen en pacientes del país.
Las diferencias ya comienzan a verse en cánceres especialmente relevantes para Chile. En vesícula biliar, estudios realizados en el país han mostrado que tanto el riesgo como determinadas características moleculares se relacionan con la ancestría genética, incluida la nativa americana presente en una proporción importante de la población chilena.
Al comparar tumores de pacientes chilenos con grupos de pacientes estudiados en Corea e India, el equipo observó además diferencias compatibles con un comportamiento más agresivo en los casos nacionales. Es precisamente el tipo de característica que una referencia construida mayoritariamente con pacientes de otras poblaciones no necesariamente permite representar de la misma manera.
También están apareciendo señales en cáncer de colon. Allí los investigadores observan asociaciones entre la ancestría nativa americana y diferencias en la frecuencia de determinados procesos mutacionales, aunque todavía estudian cuánto de esas variaciones puede explicarse por la composición genética de la población.
Entre las diferencias que está observando el equipo aparecen determinados perfiles moleculares con mayor frecuencia en pacientes chilenos que en grupos estudiados en otros países. En cáncer de vesícula biliar, por ejemplo, encontraron una mayor presencia de un perfil denominado proliferativo, mientras que en cáncer colorrectal aparece sobrerrepresentado un subtipo más agresivo conocido como CMS4. Ambos hallazgos refuerzan la necesidad de estudiar si los tumores de pacientes chilenos siguen patrones diferentes a los descritos en las grandes referencias internacionales.
El tema cobra especial relevancia en la Región de OHiggins, donde trabaja el equipo y donde el cáncer de colon ha aumentado en los últimos años.
En paralelo, los investigadores exploran otra forma de acercar esa información a la práctica clínica a través de la Inteligencia Artificial (IA), al secuenciar el genoma de distintos tipos de tumores, análisis costoso que casi nunca se realiza en la salud pública. Para ello, el equipo entrena modelos de inteligencia artificial capaces de buscar señales moleculares en las biopsias. «Desde la imagen queremos predecir cosas moleculares, como mutaciones asociadas a peor pronóstico o a un tratamiento. La biopsia con imagen ya es parte de la práctica clínica; la secuenciación del genoma completo, no. Si logramos leer eso desde la imagen, ampliamos el universo de pacientes y la tecnología se vuelve mucho más democrática», plantea Alex Di Genova, investigador de la UOH.
